phpの設定オプション指定方法は、4種類
- php.ini
 - httpd.conf
 - .htaccess
 - プログラム中に関数を呼び出す(ini_setなど)
 
それぞれの設定の仕方によって、設定オプションの有効にできる値と、できない値があります。 どれが有効化は、PHPのヘルプに一覧が載っています。 PHP: php.ini ディレクティブ - Manual
※Windowsの場合はレジストリでも設定できるそうです。まず使わないかと思われますが。
それぞれの書き方
php.ini
magic_quotes_gpc = off
output_buffering = off
mbstring.language = Japanese
mbstring.encoding_translation = off
mbstring.http_input = pass
mbstring.http_output = pass
mbstring.internal_encoding = EUC-JP
mbstring.substitute_character = none
mbstring.detect_order = SJIS,EUC-JP,JIS,UTF-8,ASCII 
          
          httpd.conf と .htaccess(設定可能なオプションが違うけど、書式は同じ)
php_flag magic_quotes_gpc off
php_flag output_buffering off
php_value mbstring.language Japanese 
php_value mbstring.internal_encoding UTF-8
php_flag mbstring.encoding_translation off
php_value mbstring.http_input pass
php_value mbstring.http_output pass
php_value mbstring.substitute_character none
php_value mbstring.detect_order SJIS,EUC-JP,JIS,UTF-8,ASCII 
          
          以下のディレクティブでくくると、そのバージョンのモジュールのみ適用
           
          <IfModule mod_php5.c>
php_flag magic_quotes_gpc off
</IfModule>
<IfModule mod_php4.c>
php_flag magic_quotes_gpc on
</IfModule> 
          
          
          プログラム中
//ini_set関数を使う
ini_set('magic_quotes_gpc', 'off');
ini_set('mbstring.internal_encoding', 'UTF-8');
ini_set('mbstring.http_input', 'pass');
ini_set('mbstring.http_output', 'pass');
ini_set('mbstring.substitute_character ', 'none');
ini_set('mbstring.detect_order 'SJIS,EUC-JP,JIS,UTF-8,ASCII'); 
          
          //それ用の関数を使う
mb_language('Japanese');
mb_internal_encoding('UTF-8');
mb_http_input('UTF-8');
mb_http_output('UTF-8');